广告商应该可以在联署计划后台设定使用哪种付费方式：按点击付费、按引导付费或按销售付费。虽然通常是使用按销售付费，但如果三种情况都考虑到无疑将增加软件的灵活性。在需要的时候，广告商可以适时开通。也可以考虑开放给参加联署计划的站长，自己选择采用哪种方式，由站长在自己的后台选择。
广告商在后台应该可以设定全站范围的佣金结构，也就是按销售百分之百几付佣金，或按多少固定金额付佣金。也可以设定一级联署网站，二级联署网站各自的佣金数额。设定好佣金比例或数额后，程序将自动计算点击带来的销售、佣金、转化率。佣金达到最低支付数额后，广告商支付佣金，在后台中做相应记录。
在佣金计算上的一个很重要的功能是，能够对不同联署会员的佣金数额或比例做单独调整。设定全站范围的佣金比例是广告商通盘考虑自身成本及赢利情况而定。但有时为了争取到超级明星站长，或鼓励站长努力推广增加销售，给予某些站长特殊的更高的佣金是很必要的。