联署计划付费方式可以有三种：按点击付费、按引导付费和按销售付费。广告商需要考虑自己网站的情况，确定是否三种付费方式都支持，以哪种为主。
一、按销售付费
对广告商来说，按销售付费当然是最安全可靠的。如果没有产生销售和利润，广告商就不必支付任何费用。只要广告商计算出自己产品或服务的价格、成本、利润，就可以安全地确定出可以支付的佣金。
按销售付费佣金计算的安全性还在于，所有数字、价格、成本、利润，都是广告商自己可以确知的，不需要猜测或预测任何数字。
二、按引导付费
按引导付费需要更严谨的计算和可靠的历史数据。用户并不需要在网站上购买任何东西，广告商就需要支付佣金。所以广告商必须要非常清楚，完成了引导行为的用户当中有多大比例会成为付费用户？平均购买金额是多少？平均利润是多少？
指定引导行为可以是下载试用软件、下载免费彩铃、订阅电子杂志、注册为免费用户、注册为论坛会员、订阅博客feed、填表格索取样品等。总之，用户需要完成某项可以明确界定但又无须付费的行为。当然，这些无须付费的行为是为以后的购买行为做准备的，广告商通过免费的引导行为获得继续推销付费产品和服务的机会。
假如广告商的网站设定引导行为是注册电子杂志，为了确定不至于亏本的佣金数额，广告商必须依据网站历史数据计算出：订阅电子杂志的用户中有多少人会购买网站产品？购买金额是多少？利润是多少？平均每一个订阅电子杂志的用户产生的利润是多少？付给联署计划站长的佣金，不能超过每个电子杂志注册用户的平均预期利润。
假设根据历史数据，网站电子杂志订阅者中有5%会购买网站产品，这些订阅者的平均购买金额是100元，扣除所有成本，网站赢利30元，可以计算出每100个电子杂志订阅者为网站贡献100X5%X30=150元利润，每一个电子杂志订阅者可以带来的平均预期利润是1.5元。广告商就可以知道，每获得一个电子杂志引导用户，最多可以支付1.5元佣金。
上面只是一个被简化了的例子，现实情况通常更复杂。比如从网站历史数据得出的从电子杂志订阅者到付费用户的转化率不一定等于通过联署计划来的电子杂志订阅者到付费用户的转化率，因为用户来源不同，针对性和流量质量也可能不同。从搜索引擎来的用户通常是主动搜索相关关键词来的，针对性比较高，转化率也比较高。联署计划来的流量质量参差不齐，可能是站长误导性的语言吸引来的，可能是站长高质量的评论吸引来的，因此转化率就会不同。
所以广告商能计算出的转化率和佣金数额不可能是完全精确的，只能是个大致范围。佣金的确定需要留出一定缓冲区，如果按历史数据计算可以承担佣金1.5元，不妨按1元处理。
三、按点击付费
按点击付费，广告商需要根据网站历史数据计算出平均每个访问者能带来的预期利润。
假设网站每100个访问者中有1个人会购买，也就是转化率为1%，销售额是100元，扣除所有成本，利润是30元，可以计算得出，每一个访问者的预期利润是0.3元。也就是说，每个点击可以承担的费用最多是0.3元。
按点击付费是比较危险的付费方式。当然，比按显示付费还是安全多了。
不同来源的访问者所带来的转化率及预期价值并不相同。从搜索引擎的用户通常都是带着问题和需求进行搜索的，尤其是一些长尾关键词，访问者目的明确，转化率也比较高。
而通过网络广告来的一部分访问者，有可能是误点击，有可能是网站广告不实，还有可能是站长误导。很多时候这样的流量质量并不高，转化率比较低。参加联署计划的网站基本不受广告商控制，无法预期从这些网站来的流量如何，也无法通过历史数据精确计算出联署计划每个点击的价值。这时广告商就需要承担一定的风险。
另外一个风险是，有的站长会想各种办法欺诈点击。这种情况在搜索竞价排名中也很常见。虽然Google、百度这样的大公司都积极提高欺诈点击的判断率，但准确性到目前为止并不高。欺诈点击的比例有时高达20%-30%。最新的调查数据显示，整个行为的欺诈点击率是16.6%。
使用联署计划程序，从技术上判断欺诈点击的准确率比Google、百度这些公司相差就更远了。这是广告商要按点击付费时必须要承担的风险，也是必须事先计算在佣金里的因素。
所以绝大部分联署计划广告商都是采用按销售付费，有一部分采用按引导付费，很少使用按点击付费这个方式。